从2001年，国家认监委成立，就把对进口食品国外生产企业卫生进行注册管理摆在突出位置。对进口食品厂实施注册管理是国际通行的管理办法。保证进口食品的质量，最有效的办法是从源头抓起，对生产加工进口食品的企业进行资格认证，只有经过进口国主管当局批准的企业才能向其出口产品，从进口源头上杜绝不合格产品。
目前的注册工作主要有三种形式，一是由生产企业所在国家的检验检疫部门提供合格企业的名单，经进口国审查名单并认可后即注册生效；二是进口国对出口国提供的企业名单抽查部分企业，抽查合格后，接受全部注册名单；三是对出口国提供的企业名单按本国标准逐一进行检查，合格后方给予注册，已允许进口。
为了帮助我国食品加工企业出口，原国家出入境检验检疫局从1984年就开始进行出口食品企业的注册工作，帮助他们达到出口国家的卫生标准。目前登记在册的出口食品加工企业有9163家，涉及水产、肉、茶、蛋、奶等生产加工企业。为了确保食品的安全卫生，不仅对生产企业，就连存放食品的企业也要进行注册登记管理。
我国食品主要的出口市场是日本、欧盟和美国。不同国家对进口食品的管理方式和标准不同。对于出口国来说，如果进口国采取第一种方式，是最为便利的。但众多的出口国中只有波兰和斯洛伐克接受我国提供的企业名单。欧盟采取第二种方式，派专家对我推荐的企业进行部分抽查。其他大部分国家都是要到企业实地考察，检查合格后，方可批准注册进口。国外尤其是发达国家对进口食品管理的严格由此可见一斑。
究其原因，因为食品安全是关系到国民生命安全的大事，二恶因还直接导致了比利时政府下台，所以各国政府都不敢掉以轻心。虽然一些国际性的食品行业组织也制定过不少标准，但一直没有得到广泛认同，各国还是分别采取相信自己的标准。目前尤以欧盟的标准最为严格，仅对生产企业所用的自来水就有多达60项的指标。
不仅如此，在食品进口报关时，国外海关也十分严格，只有在该国注册过的食品生产企业的产品才能通关。山东曾有一家对韩出口水产品的企业，由于印刷错误，产品标志上的厂家英文名与注册名不符，虽然只有一个字母之差，还是被韩国海关拒绝报关。最后几经周折，才由国家认监委出面，经韩国驻华大使馆出函协调方解决了这个问题。
由于多年来我国进口食品数量不大，没有进行相应的注册管理。但随着生活水平的提高，进口食品的数量正在不断增长。2001年仅进口的肉类产品就达113万吨。入世后，关税下调，市场进一步开放，进口食品的数量和种类肯定会随之增加。开展注册管理工作就显得十分重要和迫切了。针对不同的国家和地区，我国的注册采用接受名单和抽查相结合的方式，目前颁布了第一批注册的企业目录。
第一批目录均为肉类产品加工企业。肉类产品包括禽畜肉、肉制品、可食用副产品及内脏。为什么从肉类产品进口厂家开始实行注册？史小卫副主任解释，抓进口食品安全要从风险最高处开始，而肉类产品正是食品中风险最高的。
风险来自三个层面。首先，肉类产品中可能携带的动物疫病，会威胁本国的畜牧业的发展，一旦传染给本国，不仅造成动物疫情，还可能导致其他国家限制进口，带来严重的经济损失和社会影响。英国去年爆发口蹄疫，就被怀疑为由走私猪肉引起。
其次，动物在食物链中居于较高层次，体内残留的各种有害物质比植物性食品数量种类都更多。在饲养过程中，动物不仅会吸收来自饲料中植物含有的农药化肥残留，还增加了来自饲料添加剂、激素、兽药等残留。有些超标的残留物质，不仅不会在加工过程中分解，还有可能转化为其他更为有害的物质。长期食用这种食物，残留物在人体内积累，将危害消费者的生命和健康。
第三，肉类产品不仅可能携带动物疫病，还有可能携带人畜共患的疾病和致病微生物，如疯牛并禽流感等。直接危及人的生命和健康。
对于经营食品进出口的国内企业来说，需要关注国家有关部门的规定，在签订合同时，需要考虑对方是否经过我国注册认证，一方面协同海关和出入境检验检疫等口岸部门把好食品安全关，另一方面，也可以减少经营风险，保证货物质量和顺利通关。
